Μετά την αρχαιοελληνική θρησκεία, ακολούθησε η χριστιανική. Η Σαμοθράκη υπήρξε από τα μέρη που γνώρισε τον χριστιανισμό πολύ νωρίς, με την επίσκεψη του Αποστόλου Παύλου. Το νησί έγινε τόπος αγίων, τόπος άσκησης και προσευχής πολλών ερημιτών και ασκητών, και η ιερή του κοινότητα έγινε τόσο ανθεκτική που πέρασαν εννιά ολόκληρα χρόνια μετά την άλωση της Πόλης για να πέσει στα χέρια των τούρκων.
Στις 17 Απριλίου του 1821 ο δημογέροντας Χατζηγιώργης αντιπροσωπεύοντας όλους τους Σαμοθρακίτες δήλωνε στο Μουδίρη του νησιού: «Ημείς αντί φόρων έχουμε μπαρούτι και μολύβι είμεθα έλληνες και ως τοιούτοι προτιμώμεν ν’ αποθάνωμεν παρά να είμεθα σκλάβοι». Την Πρωτοσταυρινιά του ίδιου χρόνου ο Καπουδάν πασάς αποβιβάζει στο νησί δύο χιλιάδες στρατιώτες που έσπειραν τον πανικό στους κατοίκους, λεηλάτησαν, έκαψαν, και συνέλαβαν 700 άνδρες που τους φόνευσαν στην τοποθεσία Εφκά στη Χώρα. Επί ένα μήνα οι Τούρκοι κυνηγούσαν και σκότωναν τους κατοίκους του νησιού. Έφυγαν μόνο όταν δεν είχαν άλλους να σκοτώσουν. Οι Τούρκοι φεύγοντας από το νησί απήγαγαν και αιχμαλώτισαν γυναίκες και παιδιά, που τους μοίρασαν σε Ανατολή, Ευρώπη και Αίγυπτο. Ανάμεσα στους αιχμαλώτους ήταν και οι μετέπειτα Πέντε Άγιοι Νεομάρτυρες. Τους τρεις απ’ αυτούς: τον Θεόδωρο, τον Γεώργιο και τον νεώτερο Γεώργιο τους πούλησαν σε Τούρκους και τους εξισλάμισαν, ενώ τον Εμμανουήλ τον έδωσαν στην Αίγυπτο πήγε σε σχολείο Αγαρηνών, έμαθε γράμματα, καθώς και την Αραβική διάλεκτο, διαβάζοντας πολλά βιβλία. Από το 1828 και μετά, πολλοί ευκατάστατοι φιλέλληνες αγόραζαν αιχμαλώτους Έλληνες και τους χάριζαν την ελευθερία τους. Έτσι οι Πέντε Άγιοι Νεομάρτυρες, ήρθαν ελεύθεροι πια στην Πελοπόννησο και ύστερα επέστρεψαν στη Σαμοθράκη, στη γη που τους γέννησε. Έγιναν ενεργά μέλη της κοινωνίας του νησιού, συμμετέχοντας στις λατρευτικές και θρησκευτικές τελετές, σε κοινωνικές εκδηλώσεις σε γάμους και πανηγύρια. Ο επίσκοπος Μαρωνείας και ο τότε Οικουμενικός Πατριάρχης Γρηγόριος τους συμβούλευε να φύγουν στην ελεύθερη Ελλάδα ή να κρύβουν την πίστη τους, αλλά αυτοί δεν θέλησαν να κάνουν τίποτα από τα δύο. Το 1836 ο Καδής της Μάκρης, ένας σκληρός και απάνθρωπος υποστηρικτής της μουσουλμανικής θρησκείας, κάλεσε τους άλλοτε ομοθρήσκους του, και τους θύμισε τον πολύ αυστηρό νόμο της πίστης του Μωάμεθ, που τιμωρεί με θάνατο τους αρνητές του. Οι άγιοι τότε ομόφωνα απάντησαν: «Άρχοντα, εμείς είμαστε χριστιανοί από τους γονείς μας, με τη βία παλιά δεχθήκαμε την πίστη σας, τώρα καταλάβαμε την πλάνη μας, δεν ξαναγυρίζουμε πίσω κι αν χρειαστεί να πεθάνουμε γι’ αυτήν…». Το επόμενο βράδυ τους κάλεσε και τους ρώτησε, ποιοι είναι και ποια είναι η καταγωγή τους και αυτοί απάντησαν:
«Είμαστε Σαμοθρακίτες στην καταγωγή, χριστιανοί απ’ τους προγόνους μας. Τον καιρό της ερήμωσης του τόπου μας και της σφαγής των ανθρώπων του, εμείς αιχμαλωτιστήκαμε, και με τη βία αλλαξοπιστήσαμε. Τώρα ελεύθεροι πια στον τόπο μας, γυρίσαμε στην πίστη του αληθινού Θεού και είμαστε έτοιμοι αν χρειασθεί να πεθάνουμε…». Ο τύραννος οργισμένος διέταξε να τους κλείσουν στη φυλακή, και να τους βασανίσουν, ενώ οι ίδιοι προσεύχονταν για να μη δειλιάσουν και να τελειώσουν το δρόμο του μαρτυρίου αχώριστοι, εμψυχώνοντας ένας τον άλλον. Ύστερα από τρεις μέρες ο αγάς διέταξε να παρουσιαστεί μπροστά του ο Εμμανουήλ που ήταν και γνώστης της Αραβικής γλώσσας και της θρησκείας του Μωάμεθ. Του πρότεινε να μείνει κρυφά χριστιανός και φανερά να δηλώσει μωαμεθανός. Εκείνος αρνήθηκε εκφράζοντας τη γνώμη και των Πέντε. Ο τύραννος διέταξε τότε να ξαναφυλακιστούν και ξεκίνησαν τα φριχτά βασανίστρια των Αγίων με την κατηγορία της καταφρόνησης και της ύβρης της θρησκείας του Κορανίου. Τα μαρτύρια των Αγίων έγιναν στην Μάκρη όπου και ήταν φυλακισμένοι και εκεί ένας - ένας οδηγήθηκαν στο θάνατο. Το 1843 καθορίστηκε ο τυπικός εορτασμός των αγίων στη Μάκρη, στο Άγιο Όρος και στη Σαμοθράκη. Ενώ η ανακήρυξη των νέων Αγίων έγινε με την 7η Οικουμενική και συνοδική πράξη στις 17 Μαΐου 1985. Οι πέντε άγιοι μαρτύρησα μεταξύ άλλων, και για να κρατήσουν ζωντανή την αντίσταση των συμπατριωτών τους ενάντια στον τούρκικο ζυγό. Η Σαμοθράκη, ο τόπος μας, έγραφε ήδη την δική της ιστορία στα χρόνια της Επανάστασης… Άρνηση πληρωμής των φόρων, οργάνωση της επανάστασης, θυσίες, αιματοβαμμένοι αγώνες..…
Με τη θυσία τους οι Άγιοι διακηρύσσουν την εμμονή τους στη πίστη, και την ενότητα του λαού τους, … μπροστά στα κακώς κείμενα και των καιρών τους… μια ενότητα που έχει ανάγκη κάθε λαός, κάθε εποχή, όπου ο καθένας θα κοιτάει τον άλλον στα μάτια και θα για να συνεννοηθεί, γιατί μόνο έτσι μπορεί να τραβάει τον καιρό μπροστά… και να ξεχωρίζει τα σύκα απ’ τη σκάφη… Απόσπασμα από την εκδήλωση
Οι Πέντε Άγιοι Μάρτυρες ακολούθησαν το δρόμο της ψυχής τους θέλοντας να εμψυχώσουν και να ξεσηκώσουν τους σκλαβωμένους Έλληνες.